Azərbaycan Dövlət Pedaqoji Universitetinin Ağcabədi filialında elmi-tədqiqat işlərinin təşkili və planlaşdırılması “Ali təhsil müəssisələrində elmi-tədqiqat işlərinin təşkili və planlaşdırılması haqqında” Əsasnaməyə əsasən həyata keçirilir və Filial öz elmi fəaliyyətində Azərbaycan Respublikasının qüvvədə olan qanunlarını, Azərbaycan Respublikası Prezidentinin fərman və sərəncamlarını, Milli Məclisin qərarlarını, Nazirlər Kabinetinin qərar, sərəncam və göstərişlərini, Azərbaycan Respublikası Elm və Təhsil Nazirliyinin qərar, əmr və sərəncamlarını rəhbər tutur.
Azərbaycan Dövlət Pedaqoji Universitetinin Ağcabədi filialı elmi-tədqiqat işlərinin cari və perspektiv planlaşdırmasını sərbəst həyata keçirir. 2020-2022-ci illər üçün Azərbaycan Dövlət Pedaqoji Universitetinin Ağcabədi filialında sahələr üzrə müəyyən olunmuş istiqamətlərdə 29 mövzu üzrə 108 elmi-tədqiqat işi yerinə yetirilmişdir. Bu elmi-tədqiqat işlərinin elmi nəticələri ümumiləşdirilərək Azərbaycan Dövlət Pedaqoji Universitetinə göndərilmişdir.
2023-2025-ci illər üçün isə Azərbaycan Dövlət Pedaqoji Universitetinin Ağcabədi filialında sahələr üzrə müəyyən olunmuş istiqamətlərdə 28 mövzu üzrə 153 elmi-tədqiqat işi yerinə yetirilməsi planlaşdırılmişdır.